色譜方法常用于樣品的凈化和測量，以前較多采用填充柱氣相色譜法（GC），現在則越來越多地使用毛細管氣相色譜法（GC）和液相色譜法（HPLC），尤其在定性分析的氣相色譜/質譜法（GC/MS）中，毛細管柱技術占優勢。電子捕獲檢測器（ECD）、火焰光度檢測器（FPD）、氮磷檢測器（NPD）是zui常用的農藥殘留量分析的氣相色譜檢測器，質譜檢測器（MSD）則是zui通用和靈敏的檢測器。各種進樣方式，如分流、不分流、冷柱上進樣技術和程序升溫汽化進樣技術都已應用于農藥殘留物分析。近年來，隨著農藥殘留研究的不斷深入，農藥殘留檢測方法日趨完善，并向簡單、快速、靈敏、多殘留、低成本、易推廣的方向發展。
　　
　　在快速篩選檢測技術方面，上個世紀六十年代就有人利用薄層色譜酶抑制法測定有機磷農藥等殘留量，檢測*為毫克級；八十年代開始，農藥的酶抑制和免疫檢測技術作為快速篩選檢測方法受到許多發達國家的高度重視，并因此得到了快速發展。酶抑制、酶聯免疫（ELISA）、放射免疫（RIA）、單克降抗體等技術由于可以避免假陰性，適宜于陽性率較低的大量樣品檢測，在農獸藥殘留檢測中應用日益增多。我國在近十多年來也相繼開展了農藥殘留酶抑制法和免疫法快速篩選檢測方法研究，取得了一定的研究成果，系統內有廣東檢驗檢疫局研制了農藥殘留速測卡，但總體上應用不多，方法的靈敏度不高，試劑不夠穩定